Le fabricant de meubles Flötotto a vu le jour en 1906, lorsque Heinrich Flötotto décide d’ouvrir son atelier d’ébénisterie dans la région de Rhénanie-du-Nord - Westphalie en Allemagne. En quelques décennies, l’entreprise étend sa gamme de produits, du meuble fait sur mesure à la fabrication d’articles en série. A la fin de la seconde Guerre Mondiale, Fritz et Franz, les fils de Heinrich prennent la relève et bâtissent peu à peu la réputation de la marque. Un pari rapidement gagné grâce à des matériaux durables, des chaises, bureaux et étagères modernes, ainsi que du mobilier d’école, de bureau et d’institutions. Durant la période de l’après-guerre, Les chaises ergonomiques façonnées en contreplaqué (ou Pagholz) de Flötotto sont alors devenues omniprésentes dans les salles de classes allemandes.
De 1961 à 1991, Flötotto est dirigée par la troisième génération de la famille, uniquement constituée de couples : Elmar et Anna Flötotto, Reinhard et Barbara Flötotto ainsi que Hubertus et Ingrid Flötotto. En 1969, ils lancent la collection Optimal qui regroupe des espaces de travail pour étudiants à hauteur réglable. En 1975, ils introduisent la ligne modulaire de mobilier primée Profilsystem en hêtre.
En 2012, Flötotto charge le designer Konstantin Grcic de créer la ligne de meubles d'école PRO, et fait la une des journaux et revues spécialisées. La principale caractéristique de cette collection est la forme en S du siège, basée sur un principe « d’assise active » qui procure une agréable sensation de confort.
La famille décide de vendre l’entreprise en 1998, pour finalement la racheter en 2002. Depuis 2008, Flötotto est dirigée par Elmar Flötotto.
